Justiitsministeerium osaleb Euroopa Liidu justiits- ja siseküsimuste alases koostöös ning ka siseturu arendamises. Esimesest valdkonnast kuulub justiitsministeeriumi vastutusalasse õigusalane koostöö tsiviil- ja kriminaalasjades ning osalt ka politseikoostöö. Siseturu arendamise raames tegeleb justiitsministeerium äriühinguõiguse ja tarbijakaitsega. Ministeerium osaleb ka andmekaitseküsimuste ja elektroonilist õiguskeskkonda puudutavate küsimuste ettevalmistamisel ELis.
Riigisiseses õigusloomes tuleb justiitsministeeriumil seaduste ja riigikogu otsuste eelnõude analüüsimise ja kooskõlastamise käigus kontrollida ka nende vastavust Euroopa Liidu õiguse nõuetele.