Kaebuse saanud halduskohus kontrollib, kas kaebus või protest vastab seaduse nõuetele, kas on olemas kõik kaebuses loetletud lisad, kas kaebus või protest kuulub halduskohtu pädevusse ning kas riigilõiv on makstud. Puuduste korral annab kohus kaebuse või protesti esitajale kuni 15-päevase tähtaja puuduste kõrvaldamiseks. Kui kaebuse või protesti esitaja ei ole määratud tähtajaks puudusi kõrvaldanud, tagastab halduskohus kaebuse või protesti määrusega selle esitajale.
Kui kaebus või protest vastab nõuetele, võtab kohus asja menetlusse ning toimub eelmenetlus, millega kohus valmistab asja ette nii, et selle saaks katkestamatult lahendada ühel kohtuistungil. Eelmenetluse käigus teeb kohus kindlaks, millise asutuse või ametniku või avalik-õiguslikke haldusülesandeid täitva muu isiku haldusakti või toimingu peale kaebus või protest on esitatud, saadab talle ning teistele protsessiosalistele kaebuse või protesti ärakirja, nõuab välja vajalikke dokumente ja kirjalikke tõendeid, lisaks on kohtul võimalik omal algatusel koguda täiendavaid tõendeid (siin väljendub halduskohtumenetlusele omane nn uurimisprintsiip), otsustab vajalike isikute kaasamise, otsustab, kas kaebus või protest vaadatakse läbi halduskohtuniku poolt ainuisikuliselt või kolmeliikmelises koosseisus; nõuab teistelt protsessiosalistelt kirjaliku seisukoha kaebuse esitamise tähtaja ennistamise taotluse kohta. Seejärel teeb kohus protsessiosalistele teatavaks asja kohtus läbivaatamise aja ja koha. Selleks saadab kohus protsessiosalistele kohtukutsed.
Kui seaduses ei ole sätestatud tähtaega, lahendab halduskohus asja mõistliku aja jooksul.
Kohtuistung toimub reeglina kaebuse saanud halduskohtus ning kaebuse vaatab tavaliselt läbi kohtunik ainuisikuliselt. Kaebaja taotlusel või kohtu algatusel on võimalik kohtuistungit pidada ka halduskohtu tööpiirkonnas asuvas maakohtus, mis asub kaebajale lähemal. Kohtuistung on suuline ja reeglina avalik.
Kohus võib istungi või osa sellest kuulutada kinniseks:
-
riigi julgeoleku või avaliku korra tagamiseks, eelkõige riigisaladuse hoidmiseks või asutusesiseseks kasutamiseks tunnistatud teabe kaitseks;
-
menetlusosalise, tunnistaja või muu isiku elu, tervise või vabaduse kaitseks;
-
menetlusosalise, tunnistaja või muu isiku eraelu kaitseks, kui huvi asja avaliku arutelu vastu ei ole eraelu kaitse huvist suurem;
-
lapsendamissaladuse hoidmiseks;
-
alaealise või vaimse puudega isiku huvides, eelkõige sellise isiku ülekuulamiseks;
-
äri- või autorisaladuse hoidmiseks, kui avaliku aruteluga kahjustataks olulist kaitset väärivat huvi;
-
seaduse alusel isiku eraelu- või ärisaladuse hoidmiseks kohustatud isiku ülekuulamiseks, kui isikul on seaduse järgi õigus saladus menetluses avaldada;
-
posti, telegraafi või telefoni teel või muul üldkasutataval viisil edastatud sõnumi saladuse kaitseks.
Halduskohus võib määrusega jätta kaebuse või protesti läbi vaatamata juhul, kui kaebuse või protesti esitaja ei ole mõjuva põhjuseta kohtuistungile ilmunud.
Kohus võib piirata saalisviibijate hulka, kui kohtusaal on ületäitunud ning keelata kohtuistungi ajal pildistamise, filmivõtted, raadio- või televisiooniülekande ning heli- või videosalvestuse, kui see võib häirida protsessiosaliste, tunnistajate ja eksperdi ärakuulamist või takistada muul viisil õigusemõistmist. Kui keegi kohtu keelust hoolimata kohtusaalis pildistab, filmib, teeb raadio- või televisiooniülekannet või heli- või videosalvestust, võib kohus teda trahvida ja ta kohtusaalist eemaldada.
Kaebajal on kasulik teada, et kaebuse esitamine ei takista üldjuhul vaidlustatava haldusakti täitmist ega andmist või toimingu sooritamist. Halduskohus võib kaebuse esitaja põhjendatud taotluse alusel või oma algatusel teha igas menetlusstaadiumis määruse kaebuse esitaja õiguste esialgse kaitse kohta, kui vastasel juhul oleks kohtuotsuse täitmine raskendatud või osutuks see võimatuks. Esialgne kaitse tähendab teisisõnu seda, et kohtul on õigus peatada vaidlustatava haldusakti kehtivus või täitmine, keelata vaidlustatava haldusakti andmine või toimingu sooritamine, või kohustada haldusorganit taotletavat haldusakti välja andma, toimingut sooritama või jätkuvat toimingut lõpetama.
