Основная задача Министерства юстиции  - это формировать и проводить в жизнь правовую и криминальную политику государства, что должно способствовать созданию открытого и безопасного общества, в котором люди могут быть уверены в использовании своих прав и защите.

Для этого Министерство юстиции:

• Координирует вместе с другими ведомствами борьбу против преступности, чтобы снизить ущерб, причиняемый преступностью обществу и усилить чувство безопасности у людей;
• Обеспечивает быстрое и эффективное производство по судебным делам, а также путем получения быстрой и доступной правовой помощи;
• Обеспечивает правовую надежность и создает предпосылки для экономического роста, гарантируя защиту имущественных прав, эффективное исполнительное производство, доступность нотариальных услуг, а также качество судебных регистров;
• Укрепляет принципы демократического правового государства, помогая обеспечить основные права людей и упорядочивая руководство государством.

В качестве координатора правотворчества, Министерство юстиции стоит  за развитие хорошей правовой системы и помогает формированию качественного правотворчества. С этой целью оно проверяет, чтобы право создавалось в соответствии с основным законом и другими законами, а также общими принципами публичного и частного права.

Учреждениями области управления Министерства являются:

• уездные, административные и окружные суды;
• прокуратура;
• тюрьмы;
• Центр регистров и инфосистем;
• Эстонский институт судеб­ной экспертизы.

Министерство управляет учреждениями области своего управления не непосредственно, а стратегически: разрабатывает направления их развития и анализирует результаты, обеспечивает бюджет, осуществляет надзор и пр. 

К полномочиям Министерства юстиции относится также организация должностной деятельности и правовых услуг нотариата, присяжных переводчиков и службы судебных исполнителей, а также банкротных управляющих, профилактика преступлений и координация  действий по унификации правовых актов Эстонии с правом Европейского Союза, рассмотрение международных ходатайств по оказанию правовой помощи, а также  обеспечение законности деятельности адвокатуры и организация представительства государства  в судебном процессе.

В области управления Министерства работает всего свыше 3500 человек, из них 200 в министерстве.