Justiitsministeeriumi ajalugu algab koos Eesti riigi sünniga. 24. veebruaril 1918 kuulutati välja Eesti Vabariik ja nimetati ametisse Eesti Ajutine Valitsus, mille koosseisu kuulus kohtuministri ja Ministrite Nõukogu abiesimehena Jüri Vilms. Kohtuministeeriumi töö organiseerimine ja koosseisu komplekteerimine uue kohtuministri Jaan Poska ja seejärel Jüri Jaaksoni juhtimisel jäi siiski aasta lõpukuudele, kui Saksa okupatsiooniväed olid Eestist lahkunud. 1919. aasta alguseks oli välja kujunenud järgmine struktuur: kantselei, arveosakond ja kodifikatsiooni osakond koos Riigi Teataja toimetus ja talitusega. Kodifikatsiooni osakonna juhataja oli ühtlasi ka Riigi Teataja vastutav toimetaja.
Riigikulude kokkuhoidmiseks ühendati 1. juulil 1929 Kohtuministeerium ja Siseministeerium üheks ministeeriumiks. Tolleaegne kohtuminister Tõnis Kalbus jätkas oma tööd ka uue liitministeeriumi - Kohtu- ja Siseministeeriumi eesotsas kuni 1930. aasta aprillini. Ministeeriumi struktuur kujunes põhiliselt endiste iseseisvate ministeeriumide struktuuriüksuste baasil. Pärast nelja-aastast kooseksisteerimist lahutati Kohtu- ja Siseministeerium 1. aprillil 1934 taas kaheks ministeeriumiks. Kohtuministeeriumi asus juhtima endine kohtu- ja siseminister Johan Müller, kelle 1938. aasta mais vahetas välja Albert Assor. 1940. aastal moodustasid Kohtuministeeriumi struktuuri üldosakond, kodifikatsiooni osakond koos Riigi Teataja toimetusega ja vangimajade talitus.
Kohtuministeeriumi ülesanded olid Vabariigi Valitsuse poolt Riigikogule esitatavate seadusandlike aktide eelnõude kooskõlastamine; õigusaktide eelnõude ettevalmistamine kohtuministeeriumi pädevuse kohaselt; Riigi Teatajas avaldamisele kuuluvate õigusaktide seaduspärasuse kontrollimine; valitsusasutustele juriidilise konsultatsiooni andmine; õigusaktide kodifitseerimine; kohtute korralduslik tegevus ja majandamine, prokuratuuri ja vanglate töö korraldamine ning notariaadi ametitegevuse korraldamine.
Ministeeriumi töö üks prioriteete oli seadusloome. 1920. aastate keskel alustati tsiviil- ja kriminaalõiguse reformimist. 1935. aastal kehtestati kriminaalseadustik, Kaitseväe kriminaalseadustik, maksukaristuse seadustik, kriminaalkohtupidamise seadustik, vangistusseadustik ja distsiplinaarseadustik. Detsembris 1939, pärast 16 aastat kestnud tööd esitati tsiviilseadustik parlamendile vastuvõtmiseks. Veel enne selle heakskiitmist okupeeriti Eesti Nõukogude Liidu vägede poolt ja inkorporeeriti NSV Liidu koosseisu. See tegi lõpu ka 1935. aastal alustatud Eesti seaduste kodifitseerimisele, kavandatud 15-köitelisest seaduste kogust jõudis 1940. aasta juuniks ilmuda vaid neli köidet. Samuti jäi pooleli Eesti, Läti ja Leedu õiguse harmoneerimine. Eesti Vabariigi kohtuministrid jätkasid tegevust Otto Tiefi põrandaaluse valitsuse ning hiljem eksiilvalitsuse koosseisus.
Väga kiiresti, vähem kui poole aastaga, 1940. aasta augustist detsembrini lõhuti Eesti Vabariigi õigussüsteem.
Pärast okupatsiooni lõppemist 1991. aasta augustis toimusid esimesed demokraatlikud Riigikogu valimised 1992. aasta septembris. Eesti Vabariigi uus valitsus, millele andis oma volitused üle ka eksiilvalitsus, alustas tööd 21. oktoobril 1992.
